Soya Silajı ve Hayvan Beslemede Kullanımı

Erciyes Üniv Vet Fak Derg 8(3) 187-192, 2011 J Fac Vet Med Univ Erciyes 8(3) 187-192, 2011 Ö. KORKMAZ AĞAOĞLU, O. ERTUĞRUL Derlemeler Review Articles Mikrosatellit Belirteçleri ile Darboğaz (Bottleneck) Testi 1 Özgecan KORKMAZ AĞAOĞLU1, Okan ERTUĞRUL2 Mehmet Akif Ersoy Üniversitesi Veteriner Fakültesi, Zootekni Anabilim Dalı, 15030, Burdur-TÜRKİYE 2 Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi, Genetik Anabilim Dalı, 06110, Ankara-TÜRKİYE Özet: Populasyon darboğazlarının belirlenmesi oldukça önemlidir, çünkü darboğaz söz konusu olduğunda populasyon yok olma tehlikesi ile karşı karşıya kalır. Herhangi bir populasyonda darboğazın erken tespiti ciddi bir konudur ve darboğazın belirlenmesi için geliştirilmiş güçlü istatistik programları bu konuda yardımcı olmaktadır. Genetik kaynaklarının korunması kapsamında mikrosatellit belirteçlerinden elde edilen veriler ile darboğazların araştırılması yaygın kullanılan bir yöntemdir. Bu derlemede mikrosatellit belirteçleri ile darboğaz (bottleneck) testi hakkında bilgi vermek amaçlanmıştır. Anahtar Sözcükler: Darboğaz, genetik, mikrosatellit Bottleneck Test with Microsatellite Markers Summary: It is important to detect population bottlenecks since bottlenecks can increase the risk of population extinction. Early detection of bottlenecks is critical, and statistically powerful monitoring programs for detecting bottlenecks are utilized for this purpose. Genotyping data of microsatellite markers obtained within the conservation of genetic resources is a common method of investigating bottlenecks. This review article addresses the general information about bottlenecks with microsatellite markers. Keywords: Bottleneck, genetic, microsatellite Giriş Son yıllarda, moleküler genetik yöntemlerindeki ilerlemeler ve geliştirilen yeni teknikler ile çiftlik hayvanlarında genetik çeşitliliğin belirlenmesi çalışmaları hız kazanmıştır. Bu amaçla; sıklıkla tercih edilen; Restriksiyon Enzimleri Uzunluk Polimorfizm Tekniği (Restriction Fragment Length Polymorphism; RFLP), mikrosatellit veya kısa ard arda tekrarlar (Short Tandem Repeats, STR), Tek Nükleotid Polimorfizm Tekniği (Single Nucleotid Polymorphism, SNP) ve mitokondriyal DNA dizilerinin belirlenmesine yönelik çalışmalar yapılmaktadır (2, 31). Geliştirilen yeni moleküler tekniklerle elde edilen verilere uygun olarak her geçen gün yeni istatistik yazılımlar geliştirilmektedir (23) ve sonuçlar birbirleri ile karşılaştırılarak yorumlanabilmektedir. Özellikle genetik kaynağı olarak değerli durumda olan populasyonlara yönelik moleküler tanımlamalar koruma programlarının planlanması ve etkinliği de bir anlamda bu çalışmalar ile test edilebilmektedir. Koruma programlarının asıl amacı var olan genetik çeşitliliği en az kayıpla gelecek kuşaklara ulaştırmaktır. Genetik çeşitlilik de ancak DNA düzeyinde yapılan çalışmalarla etkili bir şekilde ortaya konabilmektedir (6). Geliş Tarihi/Submission Date : 15.03.2011 Kabul Tarihi/Accepted Date : 14.07.2011 Dünya’da, özellikle gelişmekte olan ülkelerde yetiştiriciliği yapılan ırklar giderek azalmaktadır. Bu ırkların yok olmadan koruma altına alınıp genetik bilgilerinin belirlenmesi gerekmektedir. Türkiye’deki mevcut hayvan türlerinin ırk içi ve ırklar arası genetik çeşitlilik seviyesinin DNA düzeyinde ortaya konması ve sürdürülen koruma etkinliklerinin bu bilgiler ışığında daha da etkin kılınması gerekmektedir. Hayvancılığın ilerlemesi ve yeni ıslah metotlarının devreye girmesiyle birlikte; çalışmalar hayvanlardan birim başına elde edilen verimin artırılması üzerine yoğunlaştırılmış ve bu süreçte yerel ırklar sürekli ihmal edilmiştir. Dolayısıyla, birçok yerli genetik kaynağı yok olma riskiyle karşı karşıyadır (12). Bu nedenle, yerli hayvan genetik kaynaklarının korunması önem taşımaktadır. Koruma çalışmalarında yerli ırklarda mevcut olan genetik çeşitliliğin ortaya konması ve sürdürülen koruma etkinliklerinin bu bilgiler ışığında daha da etkin olması nedeniyle; FAO (Food and Agriculture Organization) mikrosatellit belirteçlerin kullanılmasını önermektedir. FAO, çiftlik hayvanlarının genetik karakterizasyonu ve korunması çalışmalarını “evcil hayvan çeşitliliği ölçümü programı (MoDAD; Measurement of Domestic Animal Diversity)” ile koordine etmektedir. Eş-baskın (ko-dominant) belirteçlerden olan mikrosatellitler, 2-6 nükleotid uzunlukta kısa, tekrarlanan DNA dizilerini ifade etmektedir (7, 15). Polimorfik bir lokusta tekrarların sayısı 5’ten 100’e kadar değişebilmektedir. Mikrosatellit PZR 187 Darboğaz testi… (Polimeraz Zincir Reaksiyonu) ürünleri her bir lokusa göre değişen ve genel olarak 75 ile 300 baz çifti uzunluğu arasındadır (3). Mikrosatellitler, eş-baskın kalıtım özellikleri (28), lokusa özgü olmaları (8), genom içinde düzgün ve geniş yayılımları (18, 28), yüksek mutasyon oranı (34) ve enformatif değerleri (28) yanında PZR’ ye dayalı bir teknik olmasından dolayı birçok türde yaygın olarak kullanılmaktadır. Irkların olası yok olma tehlikesi geçirip geçirmediğinin analizi amacıyla darboğaz (bottleneck) testi oldukça önemlidir. Eğer bir populasyonda bir veya daha fazla nesil boyunca nüfus azalırsa, buna populasyon darboğazı denir. Genetik sürüklenme, küçük populasyonlarda genetik çeşitliliği hızla azaltabilir. Dolayısıyla, darboğazdan geçen bir populasyon genetik çeşitliliğinin çoğunu yitirebilir (17). Darboğaz; genetik varyasyon kaybı, zararlı allellerin sabitlenmesi ve akrabalı yetiştirme depresyonuna neden olmaktadır (17, 22). Herhangi bir populasyonda darboğazın erken tespiti ciddi bir konudur ve darboğazın belirlenmesi için geliştirilmiş güçlü istatistik programlar bu konuda yardımcı olmaktadır. Bu bağlamda; mikrosatellit lokuslarında heterozigotluk ve allel frekansı dağılım analizi, populasyonlarda darboğaz etkisinin belirlenmesi amacıyla (9, 22), Bottleneck programı (versiyon 1.2.02) kullanılarak gerçekleştirilmektedir (26). Darboğaz durumu farklı metotlar ile test edilmektedir (20). Bunlardan biri heterozigot fazlalığını belirleyen metot ve diğeri ise allel frekansı dağılımının kalitatif grafiksel olarak gösterimine olanak sağlayan metottur. Cornuet ve Luikart (9) tarafından geliştirilen ve heterozigot fazlalığını belirleyen metot; İşaret Testi (Sign Test), Standardize Farklılık Testi (Standardized Difference Test) ve Wilcoxon Testlerini (Wilcoxon Sign-rank Test) içermektedir. Mutasyon ve göç dengesinin bulunduğu varsayımı altında hesaplamalarda; örnek sayısından, gözlenen allel sayısından ve beklenen heterozigotlukların dağılımından yola çıkılarak her bir lokus ve her bir populasyon için dağılımlar tespit edilmektedir (24). Bu dağılım, Sınırsız Allel Modeli (IAM; Infinite Allele Model), Basamak Tarzı Mutasyon modeli (SMM; Stepwise Mutation Model) ve İki Safhalı Mutasyon Modeli (TPM; Two Phase Model of Mutation) olarak isimlendirilen (20) üç olası mutasyon modeli altında 1000 simülasyon yapılarak bulunur. Simülasyon boyunca elde edilen dağılım, heterozigotluk için bir P-değerinin hesaplamasına olanak sağlar. 188 Erciyes Üniv Vet Fak Derg 8(3) 1 (...truncated)