Detection of Acute Gastroenteritis Agents By Molecular Methods

Volume 9 • Number 1 • March 2018 JOURNAL OF CLINICAL AND EXPERIMENTAL INVESTIGATIONS RORIGINAL E S E A R C H ARTICLE A RT I C L E Akut Gastroenterit Etkenlerinin Moleküler Yöntemlerle Saptanması Detection of Acute Gastroenteritis Agents by Molecular Methods Şafak Göktaş1, Ayşegül Aksoy Gökmen2, Pınar Şamlıoğlu3 İstanbul Gelişim Tıp Laboratuvarları, İstanbul, Türkiye 2 İzmir Katip Çelebi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji AD, İzmir, Türkiye 3 Sağlık Bilimleri Üniversitesi Tepecik Eğitim Araştırma Hastanesi, İzmir, Türkiye 1 Yazışma Adresi: Dr. Ayşegül Aksoy Gökmen İzmir Katip Çelebi Üniversitesi Tıp Fakültesi Tıbbi Mikrobiyoloji Anabilim Dalı Balatçık/Çiğli/İzmir E-mail: ÖZET Amaç: Gastroenteritler, tüm dünyada tüm yaş gruplarında morbidite ve mortalitenin en önemli nedenidir. Multiplex PCR testleri bakteriyel, viral, paraziter etkenlerin araştırılmasında duyarlı ve özgül sonuçlar vermektedir. Bu çalışmada akut gastroenterit ön tanısıyla gelen hastaların dışkı örneklerinin multipleks PZR yöntemi ile etkenlerin saptanarak değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntemler: 1 Ocak 2015-30 Eylül 2016 tarihleri arasında İstanbul Gelişim laboratuvarına gönderilen 471 hastadan alınan dışkı örnekleri çalışmaya dahil edildi. Tüm dışkı örnekleri GastroFinder SMART 18 FAST multipleks PZR testi (Pathofinder, Hollanda) ile üretici firma talimatları doğrultusunda çalışıldı.18 farklı gastrointestinal patojen tek çalışmada saptandı. Bulgular: Çalışmaya 471 hastadan alınan 471 dışkı örneği dahil edildi. 471 dışkı örneğinin 241’inde (%51,2) etken negatif iken, 230’unda (%48,8) etken izole edildi. 230 örnekten 190’unda (%82) tek etken, 40’ında iki veya daha fazla etken izole edildi. 190 örnekten 149’ u (%31,6) bakteriyel, 26’sı (%5,5) paraziter, 15’i (%3,1) viral etkenlerdi. 149 bakteriyel etkenin 108’i (%23) Salmonella spp, 14’ü (%6) EHEC, 8’i (%3,5) Clostridium difficile toxin A/B, 8’i (%3.5) Campylobacter spp., 7’si (%3) Aeromonas spp., 2’si (%0,8) Yersinia enterocolitica, 2’si (%0.8) Enterotoxigenic E. coli (ETEC) olarak saptandı. 26 paraziter etkenden 18’i (%7,8) Giardia lamblia, 6’sı (%2,6), Dientamoeba fragilis, 2’si (%0,8) Cryptosporidium spp olarak saptandı. 15 viral etkenden 11’i (%4,7) Norovirüs, 4’ü (%1,7) Astrovirüs olarak izole edilmiştir. Sonuç: Enterik patojenlerin multiplex PCR ile tanımlanması gereksiz antibiyotik tedavilerinin kullanılmasını önleyecektir. Anahtar Kelimeler: Gastroenterit, Multipleks PZR, Dışkı ABSTRACT Received: 15.12.2017, Accepted: 06.03.2018 DOI: 10.5799/jcei.35046 www.jceionline.org Objective: Gastroenteritis is the most important cause of morbidity and mortality in all age groups all over the world. Multiplex PCR tests give sensitive and specific results in the investigation of bacterial, viral, parasitic agents. In this study, it was aimed to determine the agents of the stool specimens of patients with acute diarrhea by multiplex PCR. Materials and Methods: Stool sample taken from 471 patients sent to Istanbul Gelişim Laboratories between January 1, 2015 and September 30, 2016 was included in the study. All stool samples were processed according to manufacturer’s instructions with GastroFinder SMART 18 FAST multiplex PCR test (Pathofinder, Holland). 18 different gastrointestinal pathogens were diagnosed in one study. Results: Of the 471 patients stool sample included in the study. The agent was negative in 241 (51.2%), while the agent was isolated in 230 (48.8%). 190 (82%) had a single pathogen, 40 had two or more pathogens. Of the 190 samples detected with single agent, 149 (31.6%) were bacterial, 26 (5.5%) were parasitic and 15 (3.1%) were viral agents. Of the 149 bacterial agents, 108 (23%) was detected as Salmonella spp, 14 (6%) as EHEC, 8 (3.5%) as Clostridium difficile toxin A / B, 8 (3.5%) as Campylobacter spp., 7 (3%) Aeromonas spp., 2 (0.8%) Yersinia enterocolitica, 2 (0.8%) Enterotoxigenic E. coli (ETEC). Of 26 parasitic Copyright © JCEI / Journal of Clinical and Experimental Investigations 2017 | 21 Moleküler Yöntemlerle Gastroenterit Etkeni Saptanması agents, 18 (7.8%) was detected as Giardia lamblia, 6 (2.6%) as Dientamoeba fragilis and 2 (0.8%) as Cryptosporidium spp. Conclusion: Identification of enteric pathogens by multiplex PCR will avoids the use of unnecessary antibiotic treatments Key Words: Gastroenteritis, Multiplex PCR, stool. GİRİŞ Gastroenteritler, tüm dünyada beş yaşından küçük çocuklarda ölüme neden olabilen önemli bir halk sağlığı sorunudur. Her yıl beş yaş altında 750.000’den fazla çocuğun ölümüne neden olduğu bildirilmiştir. Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ) verilerine göre yıllık yaklaşık 1,7 milyar vaka bulunmaktadır [1]. İshaller süresine göre akut (15 günden kısa süren gastroenterit) ve kronik (15 günden uzun süren gastroenterit) olarak ikiye ayrılabilir. Akut gastroenteritler (AGE) enfeksiyona veya enfeksiyon dışı etkenlere bağlı olarak gelişebilir. Akut enfeksiyöz gastroenteritlerin %30-70’inden virüsler, %10- 20’sinden bakteriler ve yaklaşık %5-10’undan parazitlerin sorumlu olduğu bilinmektedir. Bakterilerden Campylobacter, Salmonella, Shigella, Clostridium difficile and Enterohemorajik E. coli; virüslerden norovirüs, rotavirüs and adenovirüs serotip 40 and 41; parazitlerden Giardia intestinalis, Entamoeba histolytica ve Cryptosporidium spp en sık izole edilen mikroorganizmalardır. Genellikle kötü hijyen koşullarına bağlı olarak kontamine olmuş yiyecek ve içeceklerle enfeksiyon bulaşı görülür [2]. Akut gastroenteritlerin tanısında öykü ve klinik özellikler etkenlerin ayırd edilmesinde yeterli değildir. Kesin ayırıcı tanı için laboratuvar testlerine ihtiyaç vardır. Bakteriyel enfeksiyonlarda altın standart yöntem kültürdür. Kültürde üreyen mikroorganizmayı tanımlamak için gram boyama, biyokimyasal testler ve bazen de serolojik testlere ihtiyaç vardır. Bu testleri yapmak düşünüldüğünden daha zaman alıcı ve yoğun emek isteyen işlemlerdir. Gastrointestinal sistem etkenleri açısından kültürde düşük pozitiflik olduğundan hekimler arasında dışkı kültürü isteme açısından fikir birliği yoktur. Gastroenterit etkeni birçok virüsün kültürde saptanabilmesi mümkün değildir. Hücre kültürü yapabilen donanımlı laboratuvarların az olması, hücre kültürde üreme oranlarının düşük olması sebebiyle rutin tanıda daha çok hızlı antijen testleri kullanılmaktadır. Hızlı antijen testlerinin özgüllüğü ve duyarlılığı düşüktür. Dışkıda parazit incelemesinde ise genellikle direkt boyalı ve boyasız mikroskobik inceleme kullanılmaktadır. Dışkıda yumurta ve parazite ait kist, trofozoit gibi yapıların görülebilmesi için uzman ve deneyimli parazitologlara ihtiyaç vardır [1-3]. Tanı yöntemlerinin yetersiz kaldığı durumlarda, akut gastroenterit tedavisinde ampirik antibiyotik tedavisinden yüksek doz geniş spektrumlu antibiyotik tedavisine kadar değişen ve sonuçta bakteriyel direnç oluşumuna neden olabilen tedavi yöntemleri kullanılmaktadır [3]. Gereksiz tedaviden kaçınmak, hastalığın yayılmasını önlemek, enfeksiyon kontrolü ve (...truncated)