IRF6 polymorphisms in Brazilian patients with non-syndromic cleft lip with or without palate

Braz J Otorhinolaryngol. 2020;86(6):696---702 Brazilian Journal of OTORHINOLARYNGOLOGY www.bjorl.org ORIGINAL ARTICLE IRF6 polymorphisms in Brazilian patients with non-syndromic cleft lip with or without palate夽 João Felipe Bezerra a , Heglayne Pereira Vital da Silva a , Raul Hernandes Bortolin a,b , André Ducati Luchessi a , Marcela Abbott Galvão Ururahy a , Melina Bezerra Loureiro a , Vera Lúcia Gil-da-Silva-Lopes c , Maria das Graças Almeida a , Viviane Souza do Amaral d , Adriana Augusto de Rezende a,∗ a Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas, Natal, RN, Brazil Universidade de São Paulo (USP), Departamento de Análises Clínicas e Toxicológicas, São Paulo, SP, Brazil c Universidade Estadual de Campinas, Escola de Ciências Médicas, Departamento de Genética Médica, Campinas, SP, Brazil d Universidade Federal do Rio Grande do Norte, Departamento de Biologia Celular e Genética, Natal, RN, Brazil b Received 29 July 2018; accepted 17 April 2019 Available online 8 June 2019 KEYWORDS Nonsyndromic orofacial clefts; Etiology; IRF6; Single nucleotide polymorphism Abstract Introduction: Non-syndromic orofacial clefts have a complex etiology due to the contribution from both genetic and environmental risk factors, as well as the interaction between them. Among the more than 15 susceptibility loci for non-syndromic orofacial clefts with considerable statistical and biological support, the IRF6 is the most validated gene by the majority of studies. Nonetheless, in genetically heterogeneous populations such as Brazilian, the confirmation of association between non-syndromic orofacial clefts and IRF6 common variants is not a consolidated fact and unrecognized IRF6 variants are poorly investigated. Objective: The aim of this study was to investigate the association of IRF6 polymorphisms with non-syndromic orofacial clefts development in a population from northeast Brazil. Methods: Blood samples of 186 non-syndromic orofacial clefts patients and 182 controls from Rio Grande do Norte, Brazil, were obtained to analyze IRF6 polymorphisms (rs2235371, rs642961, rs2236907, rs861019, and rs1044516) by real-time polymerase chain reaction. Nonsyndromic orofacial clefts patients were classified in cleft lip and palate, cleft palate only and cleft lip only groups. 夽 Please cite this article as: Bezerra JF, Silva HP, Bortolin RH, Luchessi AD, Ururahy MA, Loureiro MB, et al. IRF6 polymorphisms in Brazilian patients with non-syndromic cleft lip with or without palate. Braz J Otorhinolaryngol. 2020;86:696---702. Peer Review under the responsibility of Associação Brasileira de Otorrinolaringologia e Cirurgia Cérvico-Facial. ∗ Corresponding author. E-mail: (A.A. Rezende). https://doi.org/10.1016/j.bjorl.2019.04.011 1808-8694/© 2019 Associação Brasileira de Otorrinolaringologia e Cirurgia Cérvico-Facial. Published by Elsevier Editora Ltda. This is an open access article under the CC BY license (http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/). IFR6 SNPs and non-syndromic orofacial clefts 697 Results: The genotype and allele frequencies of single nucleotide polymorphism rs2235371 in IRF6 showed significant differences in patients with cleft palate when compared to the controls, whereas no association was shown between rs642961, rs2236907, rs861019, and rs1044516 and non-syndromic orofacial clefts. Conclusion: The association found between rs2235371 and isolated cleft palate should be interpreted with caution due to the low number of individuals investigated, and more studies with larger sample size are needed to confirm these association. In addition, there is a lack of association of the rs642961, rs2236907 and rs861019 polymorphisms with non-syndromic orofacial clefts susceptibility. © 2019 Associação Brasileira de Otorrinolaringologia e Cirurgia Cérvico-Facial. Published by Elsevier Editora Ltda. This is an open access article under the CC BY license (http:// creativecommons.org/licenses/by/4.0/). PALAVRAS-CHAVE Fendas orofaciais não sindrômicas; Etiologia; IRF6; Polimorfismo de um único nucleotídeo Polimorfismos do gene IRF6 em pacientes brasileiros com fenda labial não sindrômica com ou sem fenda palatina Resumo Introdução: As fendas orofaciais não sindrômicas possuem uma etiologia complexa devido à contribuição de fatores de risco genéticos e ambientais, assim como a interação entre eles. Dentre os mais de 15 loci de susceptibilidade para as fendas orofaciais não sindrômicas com considerável suporte estatístico e biológico, o IRF6 é o gene mais validado pela maioria dos estudos. Apesar disso, em populações geneticamente heterogêneas como a brasileira, a confirmação da associação entre as fendas orofaciais não sindrômicas e as variantes mais comuns do IRF6 ainda não é um fato consolidado e outras variantes não tão conhecidas IRF6 são pouco investigadas. Objetivo: O objetivo deste estudo foi investigar a associação de variados polimorfismos do IRF6 com o desenvolvimento das fendas orofaciais não sindrômicas em uma população do nordeste do Brasil. Método: Amostras de sangue de 186 pacientes com fendas orofaciais não sindrômicas e 182 controles do estado do Rio Grande do Norte, Brasil, foram obtidas para analisar os polimorfismos do IRF6 (rs2235371, rs642961, rs2236907, rs861019 e rs1044516) por reação em cadeia da polimerase em tempo real. Os pacientes com fendas orofaciais não sindrômicas foram classificados em fenda labiopalatina, fenda palatina isolada e fenda labial isolada. Resultados: As frequências genotípica e alélica do polimorfismo de único nucleotídeo rs2235371 no IRF6 mostraram-se significativamente diferentes em pacientes com fenda palatina isolada quando comparadas às dos controles, enquanto que nenhuma associação foi encontrada entre rs642961, rs2236907, rs861019 e rs1044516 e risco para o desenvolvimento das fendas orofaciais não sindrômicas. Conclusão: A associação encontrada entre rs2235371 e fenda palatina isolada deve ser interpretada com cautela devido ao baixo número de indivíduos investigados, sendo necessários mais estudos com um tamanho amostral maior para confirmar essa associação. Além disso, não foram encontradas associações significativas entre os demais polimorfismos do IRF6 rs642961, rs2236907, rs861019 e rs1044516 e a susceptibilidade às fendas orofaciais não sindrômicas. © 2019 Associação Brasileira de Otorrinolaringologia e Cirurgia Cérvico-Facial. Publicado por Elsevier Editora Ltda. Este é um artigo Open Access sob uma licença CC BY (http:// creativecommons.org/licenses/by/4.0/). Introduction Orofacial Clefts (OFCs) are the largest group of craniofacial malformations in humans and are a significant public health problem, due to the medical, psychological, social, and economic ramifications.1---3 OFCs include three general categories: those affecting the lip only (CL), those affecting the lip and palate (CLP), and those affecting the palate only (CP).4 However, previous genetic and embryo (...truncated)