SARS-CoV-2 Enfeksiyonunun Mikrobiyolojik Tanısı

DERLEME REVIEW Med J SDU / SDÜ Tıp Fak Derg u 2021:(özelsayı-1):137-145 doi: 10.17343/sdutfd.906925 SARS-COV-2 ENFEKSİYONUNUN MİKROBİYOLOJİK TANISI MICROBIOLOGICAL DIAGNOSIS OF SARS-COV-2 INFECTION Mümtaz Cem ŞİRİN1, Emel SESLİ ÇETİN1, Buket CİCİOĞLU ARIDOĞAN1 Süleyman Demirel Üniversitesi Tıp Fakültesi, Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı, Isparta, Türkiye 1 Cite this article as: Şirin MC, Sesli Çetin E, Cicioğlu Arıdoğan B. Microbiological Diagnosis of SARS-CoV-2 Infection. Med J SDU 2021; (ozelsayi-1):137-145. Öz Aralık 2019’da Çin’den başlayarak çok kısa bir süre içerisinde tüm dünyayı etkisi altına alan Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) pandemisi, bugüne kadar görülen en ciddi küresel sağlık sorunlarından biri haline gelmiştir. Bu süreçte, zamanında ve doğru uygulanan mikrobiyolojik tanı testleri, salgının ve vaka yönetiminin önemli bir parçası olmuştur. Pandeminin başlangıcından itibaren solunum yolu örneklerinde ‘‘severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)’’ RNA’sını saptamaya yönelik olarak geliştirilen gerçek zamanlı ters transkriptaz-polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR), en yaygın kullanılan tanı yöntemidir. RT-PCR ile virüs RNA’sının gösterilmesi COVID-19 hastalığının kesin tanısını sağlamakla birlikte negatif test sonucu enfeksiyon olasılığını dışlamaz. Klinik şüpheli olgularda 24-48 saat arayla tekrarlayan örneklerin alınması ve ciddi akciğer bulguları olan hastalarda tanı için alt solunum yolu örneklerinin tercih edilmesi gereklidir. Düşük maliyetli, uygulanması kolay ve hızlı sonuç alınabilen antijen testlerinin kullanımı, viral yükün yüksek olduğu hastalığın akut evresi ile sınırlıdır. Duyarlılık ve özgüllük sorunlarından dolayı antijen testleriyle elde edilen sonuçların RTPCR testleri ile doğrulanması gerekir. Antikor testleri, virüs ile karşılaşılmış olduğunu gösterir. Hastaların virüse karşı antikor yanıtının değişken ve geç olması nedeniyle antikor testleri, akut dönemde hastalığın tanısında tek başına kullanılmamalıdır. Semptomların başlangıcından 2-3 hafta sonra alınan kan örneklerin- de çalışılan antikor testleri moleküler tanıya yardımcı ek test olarak kullanılabilir. Bu derlemede, günümüze kadar elde edilen veriler doğrultusunda SARS-CoV-2 enfeksiyonunun mikrobiyolojik tanısında kullanılan yöntemlerin özellikleri, klinik açıdan sağladıkları avantajlar ve kısıtlı yönleri tartışılmıştır. Anahtar Kelimeler: COVID-19, SARS-CoV-2, polimeraz zincir reaksiyonu, antijen testi, antikor testi Abstract The Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) pandemic, which began in China in December 2019 and affected the whole world in a very short time, has become one of the most serious global health problems to date. In this process, timely and correctly applied microbiological diagnostic tests have been an important part of the epidemic and case management. Since the beginning of the pandemic, real-time reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RTPCR), which has been developed to detect ‘‘severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSCoV-2)’’ RNA in respiratory tract samples, is the most widely used diagnostic method. The detection of the virus RNA by RT-PCR provides the definitive diagnosis of COVID-19 disease, but a negative test result does not exclude the possibility of infection. In clinically suspicious cases, repeated samples should be taken within 24-48 hours and lower respiratory tract samples should be preferred for diagnosis in pa- İletişim kurulacak yazar/Corresponding author: Müracaat tarihi/Application Date: 03.04.2021• Kabul tarihi/Accepted Date: 10.04.2021 ORCID IDs of the authors: M.C.Ş. 0000-0002-7349-3438; E.S.Ç. 0000-0001-5231-3824; B.C.A. 0000-0003-0980-2205 t 137 Süleyman Demirel Üniversitesi Tıp Fakültesi Dergisi SARS-COV-2 Tanısı tients with severe pulmonary signs. The use of lowcost and easy-to-apply rapid antigen tests is limited to the acute phase of the disease when viral load is high. Due to sensitivity and specificity problems, the antigen test results should be confirmed by RT-PCR tests. Antibody tests indicate the exposure to the virus. Antibody tests should not be used alone in the diagnosis of the disease in acute phase, because the antibody response of the patients against the virus is variable and late. Antibody tests, which are performed on the blood samples taken 2-3 weeks after the onset of symptoms, can be used as additional tests to aid molecular diagnosis. In this review, the features, clinical advantages and limitations of the methods used in the microbiological diagnosis of SARS-CoV-2 infection are discussed in line with the obtained data to date. Giriş altında yer alırken; yine solunum yolu enfeksiyonu etkenleri olarak bilinen HCoV-OC43 ve HCoV-HKU1, 2003 yılında tanımlanan ve SARS salgınına yol açan SARS-CoV ve 2012 yılında tanımlanan ve Orta Doğu Solunum Sendromu (Middle East Respiratory Syndrome; MERS)’ndan sorumlu olan MERS-CoV betakoronavirüs cinsinde yer almaktadır. Yeni tanımlanmış olan SARS-CoV-2 ise Coronaviridae ailesinin tipik özelliklerine sahiptir ve betakoronavirüs cinsi içerisinde sınıflandırılmıştır (4-7). Yirmi birinci yüzyılın üçüncü büyük koronavirüs salgını, 2019 yılı sonlarında Çin’in Wuhan şehrinde nedeni bilinmeyen pnömoni olgularının bildirilmesi ile başlamış ve hızla tüm dünyaya yayılmıştır (1). Dünya Sağlık Örgütü (DSÖ), hastalığı Coronavirus Disease 2019 (COVID-19) olarak tanımlamıştır. Tüm genom sekans analizleri sonucunda hastalığa yol açan etkenin Şiddetli Akut Solunum Sendromu (Severe Acute Respiratory Syndrome; SARS) ile ilişkili koronavirüs türleriyle yakın benzerlik gösterdiği belirlenmiş ve Uluslararası Virüs Taksonomi Komitesi (International Committee on Taxonomy of Viruses; ICTV) tarafından etken virüs SARS coronavirus 2 (SARS-CoV-2) olarak adlandırılmıştır (2). Dünya Sağlık Örgütü, hızla yayılım gösteren bu viral hastalık için Türkiye’de de ilk vakanın görüldüğü tarih olan 11 Mart 2020’de pandemi ilan etmiştir (3). Devam eden süreçte tüm dünyada olduğu gibi ülkemizde de vaka sayılarında ciddi artışlar görülmüş ve COVID-19 pandemisi insanlık tarihinin en büyük küresel sorunlarından biri haline gelmiştir. Bu derlemede, SARS-CoV-2 enfeksiyonunun mikrobiyolojik tanısında kullanılan laboratuvar testleri hakkında bugüne kadar elde edilen bilgilerin aktarılması ve tartışılması amaçlanmıştır. Virüsün Yapısı ve Genel Özellikleri Koronavirüsler, Nidovirales takımı Coronaviridae ailesi içerisinde yer alan, helikal simetrili, segmentsiz, pozitif polariteli, tek zincirli RNA genomları olan zarflı virüslerdir. Filogenetik ilişkileri ve sekans analizlerine göre koronavirüsler; alfakoronavirüs, betakoronavirüs, gamakoronavirüs ve deltakoronavirüs olmak üzere dört cinse ayrılmaktadır (4). Günümüze kadar memelileri ve kanatlıları enfekte edebilen 40’a yakın koronavirüs türü saptanmış olup bunlar arasında en son keşfedilen SARS-CoV-2 dahil yedi türün insanlarda hastalığa yol açtığı belirlenmiştir (2). İnsanlarda genellikle soğuk algınlığı şeklinde hafif (...truncated)